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    Activemotif-ATAC-Seq試劑盒介紹

    發(fā)布時間: 2022-12-20  點擊次數(shù): 637次

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    ATAC-Seq試劑盒

    Assay for Transposase-Accessible Chromatin 通常簡稱為ATAC-SeqATAC-Seq方法依賴于使用超活性轉(zhuǎn)座酶Tn5構(gòu)建二代測序(NGS)文庫。NGS測序所需的adapter被預加載到了Tn5轉(zhuǎn)座酶上,這允許染色質(zhì)片段化和adapter的連接同步進行,生成的DNA文庫可以通過NGS進行測序,并使用生物信息學分析具有開放或可及染色質(zhì)的基因組區(qū)域。

    與其它技術(shù)(如FAIRE-SeqDNase-Seq)相比,ATAC-Seq的主要優(yōu)勢在于檢測所需的細胞數(shù)量較少,且實驗方法相對簡單。

    ATAC-Seq實驗一般只需要大約50000個細胞作為起始材料,并且由于其相對較簡單的兩步法實驗步驟,使得它成為了開啟表觀研究的常用方法。無論您是想分析樣本中染色質(zhì)的狀態(tài),還是比較特殊處理前后的染色質(zhì)狀態(tài),ATAC-Seq都可以幫您研究全基因組染色質(zhì)的變化,并可以為后續(xù)實驗中應該研究哪種表觀遺傳修飾或轉(zhuǎn)錄因子以及應該使用哪種方法來研究它們提供指導。

    ATAC-Seq試劑盒

    在全基因組范圍內(nèi)分析開放的染色質(zhì)區(qū)域。

    ATAC-Seq試劑盒總覽

    名稱格式貓?zhí)枴r格 ATAC-Seq 試劑盒16 rxns 5315015,600購買尋找批量重組 Tn5轉(zhuǎn)座酶?引用一下。需要復用16個以上的樣品嗎?參見我們的 NexteraTM 兼容多重引物(96)。

    ATAC-Seq是一種快速檢測方法,可通過識別具有開放或可及狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域來分析整個基因組的表觀遺傳概況。ATAC-Seq方法快速,簡便,適用于廣泛的樣品類型,已成為常用的表觀遺傳學分析方法,并且可以作為更深入的表觀遺傳學分析的基礎。

    ATAC-Seq實驗中,用高活性的突變Tn5轉(zhuǎn)座酶處理來自細胞或組織樣品的完整細胞核。該轉(zhuǎn)座酶把DNA片段化的同時用測序接頭標記靶DNA。

    Active MotifATAC-Seq試劑盒提供了與Illumina®平臺兼容的ATAC-Seq文庫制備試劑,可以從20 – 30 mg組織或50,000 – 100,000個細胞中生成16種不同的ATAC-Seq文庫。經(jīng)過優(yōu)化的方案將指導您完成樣品制備、DNA片段標記和文庫構(gòu)建的步驟,構(gòu)建可在單個測序反應中進行多重測序的文庫。

    ATAC-Seq試劑盒亮點

    顯示開放染色質(zhì)區(qū)域的基因組序列

    僅需數(shù)小時即可完成NGS文庫制備

    簡單,快速的實驗步驟與優(yōu)化的試劑

    ATAC-Seq試劑盒組分

    ATAC-Seq試劑盒包含兩盒組分,其中-20°C保存的一盒組分干冰運輸,4°C保存的另一盒組分室溫運輸。次使用后,請根據(jù)說明書中的存放條件保存。妥善保管的試劑自收貨之日起可穩(wěn)定保存6個月。

    試劑包括

    ATAC 裂解緩沖液,存儲在 RT 組裝的轉(zhuǎn)座體中,存儲在 -20 ° C 2X 標記緩沖液中,存儲在 -20 ° C 1X 標記緩沖液中,存儲在 -20 ° C RT10X 標記緩沖液中,存儲在 RT10% 吐溫20,存儲在 RT1% 數(shù)字蛋白,存儲在 -20 ° C DNA 純化柱,存儲在 RTDNA 純化結(jié)合緩沖區(qū),存儲在 RTDNA 純化洗滌緩沖區(qū),存儲在 RTDNA 純化洗脫緩沖區(qū),存儲在 RT3M 醋酸鈉,存儲在 RT10mM dNTP,存儲在 -20 ° C 5X Q5緩沖區(qū),存儲在 -20 ° C Q5高保真 DNA 聚合酶,儲存在 -20 ° C i7索引引物1,儲存在 -20 ° C i7索引引物2,儲存在 -20 ° C i7索引引物3,儲存在 -20 ° C i7索引引引物4,儲存在 -20 ° C i5索引引物1,儲存在 -20 ° C i5索引引物2,儲存在 -20 ° C i5索引引引物3,儲存在 -20 ° C i5索引引引物4,儲存在 -20 ° C SPRI 珠,儲存在4 ° C

    ATAC-Seq試劑盒數(shù)據(jù)

    ATAC-Seq試劑盒包含進行16ATAC-Seq反應所需的試劑和酶。這些試劑盒組分經(jīng)過優(yōu)化,可以高效工作,經(jīng)驗證可以生成高質(zhì)量的ATAC-Seq數(shù)據(jù)。

     

    揭示啟動子處染色質(zhì)的開放位置

    具有轉(zhuǎn)錄活性的基因,其啟動子處的染色質(zhì)通常是開放的或可及的。ATAC-Seq分析會在這些位置產(chǎn)生峰,揭示正在研究的樣品中開放的染色質(zhì)區(qū)域。

    1ATAC-Seq試劑盒實驗結(jié)果展示在基因組瀏覽器中。ATAC-Seq試劑盒用于評估小鼠腦組織樣品的全基因組開放染色質(zhì)狀態(tài)。此處顯示的基因組瀏覽器軌跡位于FOXP3基因位置,該基因編碼有絲分裂后神經(jīng)元的生物標記物。峰表明在FOXP3基因的啟動子上有開放的染色質(zhì)。

    試劑盒實驗結(jié)果與已發(fā)表數(shù)據(jù)高度相關(guān)

    Active MotifATAC-Seq試劑盒可生成高質(zhì)量數(shù)據(jù)。使用ATAC-Seq試劑盒產(chǎn)生的ATAC-Seq數(shù)據(jù)與已發(fā)表的ATAC-Seq數(shù)據(jù)具有很好的相關(guān)性,這突出說明了該檢測方法的可靠性和可重復性。

    ATAC-Seq RKPM Data

    2ATAC-Seq試劑盒文庫與已發(fā)表的ATAC-Seq數(shù)據(jù)集的相關(guān)性。該圖顯示了在GM12878細胞中,已發(fā)表的ATAC-Seq(Buenrostro, J. D. et al. (2013) Nat. Methods 10: 1213-1218)數(shù)據(jù)的峰中的RPKM信號與使用試劑盒生成的數(shù)據(jù)集之間的相關(guān)性為0.94。

     

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