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VectorBuilder在線矢量設計說明
發(fā)布時間： 2024-04-07 點擊次數(shù)： 406次北京華新康信年度推廣活動 VECTORBUILDER 上海試劑 VECTORBUILDER 湖北試劑 VECTORBUILDER 10280血漿對照 VECTORBUILDER 10280血漿對照
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VectorBuilder在線矢量設計
VectorBuilder提供了一個高度創(chuàng)新的基于web的平臺，將復雜而直觀的矢量設計與簡化的在線訂購相結合。我們的免費平臺具有無限訪問權限，您只需點擊幾下鼠標即可設計各種自定義矢量。您可以通過從我們的數(shù)據(jù)庫中選擇或粘貼自己的序列，輕松定制載體成分，包括啟動子、ORF和標記。然后，您可以編輯您的序列，添加標簽，執(zhí)行密碼子優(yōu)化，等等！除了設計您的載體，您還可以從我們的平臺訂購您設計的載體的定制克隆以及相關服務，如病毒包裝和質(zhì)粒DNA制備。
如何使用矢量設計工作室
集錦
多種載體主鏈的收集，包括常規(guī)質(zhì)粒、慢病毒、AAV、腺病毒、MMLV、piggyBac等
廣泛的載體成分數(shù)據(jù)庫，包括啟動子、ORF、標記物、表位標簽、shRNA
詳細矢量圖
服務指南
從Vectorbuilder用戶友好的在線矢量設計平臺設計自定義矢量非常簡單、快速，并提供了一系列可定制的選項：
可用矢量系統(tǒng)查看更多
矢量設計工作室
一旦為實驗選擇了合適的矢量系統(tǒng)，就可以進入矢量設計工作室，使用各種自定義選項設計矢量：
1） 添加載體成分（如啟動子、ORF、標記物、連接子等）
添加載體成分有三種方法：從我們流行的載體成分集合中選擇，按感興趣基因（GOI）搜索，或直接粘貼序列。通過GOI進行搜索時，您可以無限制地訪問我們的ORF、shRNA和gRNA數(shù)據(jù)庫，使您能夠快速選擇所需序列并將其插入到載體中。
2） 作為多順反子表達多個基因
設計工作室允許你在一個啟動子后面放置多達4個ORF作為多順反子。多個ORF可以表達為單個融合蛋白，或者表達為通過2A或IRES連接體分離的不同蛋白。
3） 編輯ORF序列
將ORF添加到載體后，可以打開ORF編輯器添加表位標簽或?qū)⑼蛔円胄蛄?。我們提供?shù)十種流行的蛋白質(zhì)標簽，可以附加在ORF的N或C末端。其他方便的功能包括密碼子優(yōu)化、將核苷酸序列翻譯成氨基酸序列、尋找ORF和查看反向互補鏈。
矢量信息概述
完成矢量設計后，您將被重定向到矢量信息頁面。從這里您可以：
查看矢量的完整注釋地圖和序列
下載各種格式的矢量報告，包括PDF、GenBank、FASTA和SnapGene
查看矢量的價格和周轉時間或提交價格查詢
將矢量與病毒包裝等下游服務一起添加到您的購物車中
將矢量設計保存到您的帳戶
與同事分享矢量設計
檢索矢量設計
唯的矢量ID會自動定給在VectorBuilder上創(chuàng)建的任何矢量。您可以使用此ID在不登錄的情況下單擊“設計矢量"下的“檢索矢量信息"來檢索有關矢量的完整信息。
請求設計支持
如果您在我們的設計工作室中設計矢量時遇到問題（例如，您需要使用我們數(shù)據(jù)庫中不可用的主干或有序列
技術信息
矢量的基本組成部分
啟動子-啟動子是所有表達載體的關鍵組成部分，因為它驅(qū)動下游GOI的轉錄。載體啟動子的選擇取決于目標基因表達的所需位置和水平。啟動子可以是普遍存在的，在所有細胞類型中驅(qū)動基因表達，也可以是組織特異性的，僅在特定細胞類型中推動基因表達。此外，啟動子可以具有可變的強度（弱、中等或強），這取決于它們可以實現(xiàn)的靶基因表達水平。
ORF–ORF代表用戶GOI的開放閱讀框架，最終轉化為功能蛋白。ORF對于表達載體是至關重要的，并且位于啟動子的下游。當需要同時表達多種蛋白質(zhì)時，可以將與這些蛋白質(zhì)相對應的ORF放置在由要表達的連接體分離的同一啟動子下
polyA信號–polyA代表多腺苷酸化信號序列，負責上游ORF序列產(chǎn)生的轉錄物的轉錄終止和多腺苷酸化。將polyA信號整合到載體中導致信使核糖核酸的多腺苷酸化，這保護信使核糖核酸不被核酸酶和磷酸酶降解。此外，多聚腺苷酸化對于信使核糖核酸的核輸出到胞質(zhì)溶膠和核糖體翻譯蛋白質(zhì)至關重要。
選擇標記物–選擇標記物使實驗者能夠成功識別已被載體正向轉染或轉導的細胞。兩種類型的標記物通常用于選擇正轉染/轉導的哺乳動物細胞——藥物選擇標記物和熒光蛋白標記物。藥物選擇標記物的作用是在攜帶該標記物的載體的細胞中賦予對相應抗生素的耐藥性。另一方面，不攜帶載體的細胞對抗生素沒有耐藥性，因此在抗生素存在的情況下被殺死。熒光標記使研究人員能夠通過熒光顯微鏡下的可視化或通過熒光激活的細胞分選（FACs）來選擇正轉染/轉導的細胞。
復制起源——復制起源對細菌宿主細胞內(nèi)質(zhì)粒載體的復制至關重要。復制起源的選擇通常取決于需要在宿主細胞內(nèi)維持的載體拷貝數(shù)，這反過來又影響載體的穩(wěn)定性。雖然高拷貝數(shù)質(zhì)粒有助于從質(zhì)粒制劑中獲得更高的DNA產(chǎn)量，但低拷貝數(shù)質(zhì)粒是表達有毒或不溶性蛋白質(zhì)的選。此外，當在同一細菌細胞內(nèi)生長多個質(zhì)粒時，重要的是兩個質(zhì)粒不包含相同的復制來源，因為那樣它們將不相容，并阻止質(zhì)粒復制。
抗生素抗性基因——抗生素抗性基因允許選擇攜帶載體的細菌細胞，從而促進載體在細菌群體中的維持。不攜帶載體的細胞對抗生素沒有耐藥性，因此在抗生素存在的情況下被殺死。
其他分量——雖然上面列出的分量通常存在于大多數(shù)矢量類型中，但根據(jù)其具體應用，在某些矢量類型中也可以找到各種其他矢量分量。例如，病毒載體如慢病毒和AAV載體的特征在于分別存在病毒序列如長末端重復序列（LTRs）和反向末端重復序列，這對于GOI在靶細胞中的病毒依賴性表達是必需的。類似地，在所有轉座子載體中發(fā)現(xiàn)的末端重復序列對于轉座子介導的GOI在相應轉座酶存在的情況下轉移到靶細胞中是必不少的。
此外，還有各種矢量分量，它們可能對矢量的基本功能不是必不少的，但它們可以幫助增強矢量功能的通用性。例如，通常引入多克隆位點（MCS）區(qū)域以將多個限制性內(nèi)切酶位點添加到載體中，這使研究人員能夠靈活地使用任何這些位點將其GOI克隆到載體中。諸如T2A和IRES的連接物是這種載體組分的另一個例子，其可能不需要載體工作，然而，當添加它們時，它們允許從與多順反子表達盒相同的載體表達多個ORF，從而增強其功能。
矢量系統(tǒng)的選擇
任何成功實驗設計的關鍵因素之一是用于將GOI遞送到靶細胞中的載體系統(tǒng)的選擇。鑒于有各種病毒和非病毒載體可供選擇，在開始設計載體之前，應考慮幾個因素。一些關鍵的考慮因素包括：你的靶細胞轉染容易還是困難？你想要瞬時表達還是穩(wěn)定地整合到宿主基因組中？你需要使用定制的啟動子來驅(qū)動你感興趣的基因嗎？您的載體將用于細胞培養(yǎng)還是體內(nèi)？你需要條件或誘導型基因表達嗎？你的GOI有多大？
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